Cuộc đời trước của bà hết sức bí ẩn, dù nhiều học giả cho rằng bà là công chúa Tadukhipa của Mitanni. Nefertiti được đề cập lần đầu khi người ta tìm thấy mộ (TT188) của Parennefer, một cố vấn của Akhenaten, vị Pharaoh trẻ được tháp tùng bởi một phụ nữ hoàng tộc, và đó là miêu tả sớm nhất về Nefertiti. Vị vua và vợ của ông đang được mô tả thờ phụng thần Aten. Trong mộ của Tể tướng Ramose, Nefertiti được mô tả đứng phái sau Akhenaten trong một buổi lễ chào đón Ramose.

Vào những năm đầu trị vì ở Thebes, Akhenaten có nhiều ngôi đền được dựng lên ở Karnak. Và một trong số đó, Mansion of the Benben (hwt-ben-ben) được dành cho Nefertiti. Bà được khắc họa cùng cô con gái Meritaten, đôi khi có cả Meketaten. Trong một số Talatat, Nefertiti xuất hiện thường xuyên bên cạnh Akhenaten. Có thể kết luận, bà vừa được miêu tả như một Vương hậu giúp đỡ chồng mình là Pharaoh, lại vừa xuất hiện trong vài tình huống vốn chỉ đặc quyền của một Pharaoh[8].

Trong năm trị vì thứ tư của Akhenaten, vị Pharaoh dời đô từ Akhataten (bây giờ là Amarna). Và sang năm sau, Pharaoh chính thức đổi tên hiệu thành Akhataten, và từ đó Nefertiti được đề cập đến với tôn hiệu Neferneferuaten Nefertiti. Sự đổi tên hiệu, không chỉ đánh dấu cuộc cách mạng độc tôn Aten của Amenhotep IV, mà còn chính thức xác nhận quyền lực và ảnh hưởng ngang bằng, thậm chí vượt trội của Nefertiti đối với chồng mình. Nó đổi tình hình tôn giáo Ai Cập từ đa thần trở thành độc thần giáo (người ta gọi là Monolatry)[9].

Bà cũng được cho là đã có một triều đại độc lập sau cái chết của chồng và con chồng, với tên gọi là Ankhkheperure Neferneferuaten. Tuy nhiên đây chỉ là suy đoán.